光王李怡（陳豪飾）於《宮心計》第3集，曾向唐武宗（蕭正楠飾）表示他已把《三字經》背得滾瓜爛熟。 然而，有網民指出，《三字經》有傳是由南宋學者王應麟於元朝初期編寫，並於明朝後廣泛流傳。 由於元朝是於數百年之後，所以《三字經》沒可能在唐朝出現。
顯揚回宮感激三好經常代他照顧耀安，兩人赫見太監們在打撈池中的紙錢，三好從而得悉寶賢因夜祭家碧時亂撒紙錢，未知太后的忌諱而被罰。 三好回想陪同寶賢拜祭當晚，她正為欠缺紙錢而傷心，推斷有人以此事誣陷寶賢。 三好往找金鈴，發現她和飛燕正準備祭品悼亡兒，遂提醒她應謹慎拜祭時，以免誤把紙錢撒到池中禍及他人，金鈴驚聞三好竟洞悉一切，決定動之以情。 豔裳往探望仲屏，無意中發現她的盆栽滲出怪味，驚悉她從未喝下湯藥，導致病情未有好轉，繼而找到她收藏大屋的圖則。 雪霞母親死忌當天，翠雲同往上香，兩人重提往事，頓起爭執，此時，豔裳出現把昔日兩人誤會的箇中因由道出，兩人驚聞始作俑者另有其人。
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大将军马元贽因过失而被皇上投闲置散兵权被削，令属于其一党的吉祥亦被牵连；各宫婢对吉祥刻意回避，只有三好没有改变。 郑太妃身体日差，李怡终获恩准回宫探望分离多年的母亲；郭太后看见李怡愚钝如昔，心中暗喜。 金铃与飞燕因小事争吵，令三好弄破了王贵妃的新衣；最后三好只得临急修改衣服设计。
李怡突然患上傳染病，郭太后下令迫鄭太妃與李怡母子幽禁在寢室內，以免疫症蔓延。 雪霞與翠雲因賬簿一事而各執一詞，郭太后決定寧枉無縱，把兩人同時收押監牢。 蔡尚宮替兩女求情，郭太后給予三天限期讓她們查出真相。
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金铃长跪时出言指徐妈妈狐假虎威令她大怒，更提出以针线将金铃的嘴巴缝合起来。 三好见各人受苦，只得私下急谋对策，但艳裳与素恩却以为三好与金铃背弃尚宫局。 李怡得悉放高利贷的人是谁，惟有诈癫扮傻向三好暗示真凶是谁。 雪霞与翠云因账簿一事而各执一词，郭太后决定宁枉无纵，把两人同时收押监牢。
- 三好再訪小次郎，見他暈倒立即為他施救，小次郎因此對三好心存感激。
- 三好送来太后著她打造的首饰予金铃和宝贤，三好为宝贤打造的石榴花钗，有多福多子的含意，即被郑太后大赞为“观音送子”，金铃看在眼内醋意萌生。
- 此劇為2009年節目巡禮劇集之一及2009無綫節目精選第二季劇集之一，亦是無綫電視42周年台慶劇。
- 在早在2009年11月6日播出的第十五集《宮心計》中，馬元贄（李國麟飾）曾數落金鈴自小已被賣進劉府為婢，所以「不知藉貫、不識父母、不懂宗族，對自己的身世一無所知」。
- 大婚當晚，李怡看到茶中有代表喜慶的糖蓮子，即憶起對三好的感情。
翠雲趁鄭太妃離宮前到訪，但想不到鄭太妃竟把翠雲所送贈的平安符歸還給翠雲。 雪霞得悉司珍房小婢笑容的母親病危，而她欲出宮探望母親，遂早一步在蔡尚宮前替笑容説好話，以挫翠雲之鋭氣。 鄭太妃在御花園內看見小次郎因頭風影響而狂性大發，不禁被他嚇昏。
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金铃一心除去三好，没料到因而揭发李怡和她苟且暗合，使金铃对三好更是痛恨。 工心計[year] 大婚当晚，李怡坦言三好和显扬均是他的知心好友，显扬更为他赴汤蹈火，如今生死未卜，为了保存显扬的血脉故出此下策，使三好感激不已，答应会好好照顾自己。 金铃著宝贤喝下滑胎药，宝贤才发现寝宫中空无一人。 金铃故装伤感地通知郑太后，指宝贤明白事理，待她权衡利害后，为保李怡安危而自愿喝下药剂，岂料随后香消玉殒，郑太后痛心疾首。
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翠雲把準備多時的生日賀禮送予雪霞，她又親自制作織品送予翠雲，二人互訴近況。 李怡避見寶賢，使她往找三好求助，她坦言不便插手，卻透露李怡多年來到龜冢拜祭的習慣風雨不改，使寶賢萬分感激。 蔡尚宮不想驚動郭太后，私下找元贄欲儘快解決此事。 可惜放債的太監竟在郭太后前自盡而死，令郭太后大怒。 翠雲在雪霞房中搜出賬簿，認為她必然就是辦高利貸的幕後黑手。
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郭太后为此事大发雷霆，雪霞为保三好，故意指是翠云设计加害，最后郭太后下令两房一同受罚。 工心計 金铃与三好夜会时被飞燕看见，飞燕立即向雪霞告状。 武宗与王贵妃故意戏弄李怡，把他的宠物龟掷死，令他伤心不已，李怡忍不住向郑太妃诉苦。 一次三好遇险，幸得李怡镇定营救，三好此时才得悉李怡假扮愚钝避险多年，大表同情。 宫中非久留之地，李怡设计假装与郑太妃同染瘟疫，获准离宫。
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翠雲和小順照顧劍鋒，慨嘆相聚時間苦短；李怡提出讓劍鋒回鄉靜養，元贄諸多留難，幾經辛苦終使元贄讓步。 劍鋒出宮之日，元贄帶來大隊人馬以保護劍鋒安全，以及突顯劍鋒將軍的顯赫地位作藉口一同出發，李怡無奈答應。 顯揚約見三好，坦言寧願她被李怡封為妃，亦不欲她遠嫁他方，三好則表明她的夫君只有顯揚一人。 工心計 三好假意為遠嫁吐蕃而與金鈴和寶賢話別，又向兩人送上精緻飾物。 三好約見雪霞和翠雲，再次促成兩人和好如初，使她感安慰；翠雲無意中發現三好的包袱，驚悉李怡恩准她與顯揚出宮，答應日後為她到骨灰井拜祭亡母，三好感激。 元贄向李怡調查三好和顯揚失蹤的事，反被李怡著他的神策軍加以搜查皇宮角落，使他大感無奈。
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翠雲製作菜餚予小順和雪霞享用，使小順憶起那天和劍鋒用膳的情景，答應有機會買回來予翠雲品嚐，使她高興不已。 翠雲又拉攏劍鋒和小順結成義父子，劍鋒送上精美的玉佩作禮物，使小順大惑不解。 小順請雪霞鑑定玉佩的價錢，來衡量劍鋒是真心視他為乾兒子，或是即興所致，弄得雪霞哭笑不得。 劍鋒不欲用人為親，遂婉拒元贄提出的人選調動，使元贄對他更感不滿，頓生殺機；李怡和顯揚約見鋒劍交換情報。 元贄未料劍鋒竟為了翠雲而舊事重提，只好將翠雲釋放，卻對劍鋒甚感不滿。 李怡堅稱委派顯揚到宮外辦事，使元贄對三好和顯揚失蹤的事無從入手，遂率領羣臣向李怡施壓，全國緝捕三好，以向多吉本瑪交代。
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金铃约见三好，感激她代为隐瞒一切，又向神灵发下誓言，终得到三好的原谅，两人重修旧好。 尚宫局众人为设宴款待吐蕃王子而忙，雪霞的建议一再被推翻，相反翠云提议打造寓意“一品当朝”的仙鹤，则被众人一致赞好，使雪霞感到不是味儿。 元贽大赞林公公不留痕迹地杀掉松柏和耀安，答应他日独揽大权後，赐他神策大将军的衔头和把内侍监交予他打理。
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三好右手不能再靈活運用，金鈴見三好痛苦，再求李怡想辦法；太醫表示可用金針深刺經穴救三好，但需刺穴七分深，恐會另生危險。 金鈴孤注一擲親身助三好試針，更因施針令手部的血脈未通；李怡細心為金鈴按摩令她感動不已。 三好藉醫病下針時需音樂作藉口，希望製造機會讓翠雲與雪霞和解，兩人亦答應出席協助。 三好施針成功慢慢康復，翠雲與雪霞亦因三好而和好。 素恩死後司設房司一職懸空多時，綺文欲升任此職而向尚宮局各人討好一番，婉瑩與妙芬雖對綺文心存妒忌，但仍笑面相對，綺文亦因此而沾沾自喜。
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李怡向顯揚查問夜探的結果和他綁父上殿的經過，使他對顯揚父子更添慚愧，答應早日懲治元贄，將義安釋放；兩人更決定利用耿直的劍鋒對付元贄。 工心計 李怡和顯揚下棋分析局勢，對略施小計便令元贄讓步的事感興奮，李怡著顯揚代他出宮招兵買馬，兩人期待日後鏟除元贄及其黨羽之日的來臨。 李怡興高彩烈的欲向三好提出立妃一事時，卻遇上郭太后之婢女琴娘行刺，幸顯揚及時阻止，但三好因此受了傷。 看到顯揚對三好流露出關愛之情，李怡終明白三好早已心有所屬，只好把對三好之愛意藏於心中。 工心計[year] 金鈴向三好道出喜歡李怡一事，鄭太后無意中聽到兩人對話，向金鈴暗示有機會立她為妃，令她心中暗喜。 元贄借琴娘行刺一事，故意散播是郭太后亂黨所為，藉此排除異己；李怡為國事擔憂又對元贄無計可施，只好逃避與元贄一同決策國家大事，讓與元贄全權獨力執行。
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李怡得悉喜讯后，对金铃关怀备至；郑太后又安排大量安胎补品给她品尝，使她高兴不已，继而看到在旁的宝贤则备受冷落，金铃更感痛快。 艳裳往探望仲屏，无意中发现她的盆栽渗出怪味，惊悉她从未喝下汤药，导致病情未有好转，继而找到她收藏大屋的图则。 雪霞母亲死忌当天，翠云同往上香，两人重提往事，顿起争执，此时，艳裳出现把昔日两人误会的箇中因由道出，两人惊闻始作俑者另有其人。 家碧为宝贤被李怡冷待的事，请元贽帮忙，他胡乱找一块石头指是上天的启示，应纳宝贤为皇后，反被李怡将错就错安排他代自己远行祈福，元贽无奈答应。 工心計 金铃假意阅览典籍，勤于练字，以讨李怡的欢心，当她得悉宝贤私自毁损先皇的石碑而触怒李怡时，不禁暗喜。 及后竟发现三好竟为宝贤平反，遂对三好动之以情，三好则坚持自己没有偏帮宝贤，只是说出真相，金铃最后亦不作追究。
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翠雲將和劍鋒出宮共度餘生，雪霞把一張在吉祥遺物中找到的嬰兒藥方交予翠雲，好讓她追查親兒下落。 李怡明白三好對自己的感情一如往昔，即使萬般不捨，仍答應讓她出宮生活。 三好返回揚州，以打造首飾維生，手藝被首飾店老闆大讚，三好帶著女兒瓊花過着悠閒的生活，並靜待顯揚。
縱使三好鍾情棋博士高顯揚（鄭嘉穎），但金鈴知道皇帝李怡（陳豪）最愛是三好，妒意驟生，為保皇妃之位，竟誣告三好擊殺太后（韓馬利），要置三好於死地。 但計謀再深，總有算錯的時候；手段再強，亦有疏忽的地方；本劇透過三好與金鈴迥異的人生，帶出只有憑「行善積德」，才是處世待人「至強無敵」之道。 李怡赶到捉拿金铃，飞燕道出自己并未有依照金铃的吩咐毒害三好，使金铃大感错愕。 金铃忆起当日为三好试针的情形，迫使李怡履行不杀她的承诺，却幻想自己是三好。 翠云将和剑锋出宫共度余生，雪霞把一张在吉祥遗物中找到的婴儿药方交予翠云，好让她追查亲儿下落。 工心計 工心計[year] 李怡明白三好对自己的感情一如往昔，即使万般不舍，仍答应让她出宫生活。
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雪霞故意在家碧面前提起剑锋与翠云之旧事，令她气愤不已。 郭太后送上毒药给郑太妃母子，以借口请两人试治疫症之药。 郑太妃与李怡服用毒药后不但没有好转，病情反而加深了。 翠云趁郑太妃离宫前到访，但想不到郑太妃竟把翠云所送赠的平安符归还给翠云。 棋博士显扬与三好在庭园中相逢，三好见显扬不单棋艺好更精通剑术，因此对他留下深刻印象。
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雪霞得悉司珍房小婢笑容的母親病危，而她欲出宮探望母親；雪霞遂早一步在蔡尚宮前替笑容說好話，以挫翠雲之銳氣。 工心計 武宗因未有棋博士破解小次郎的棋局而心煩，於是想利用李怡對付小次郎…… 太監施計，欲誘導李怡襲擊小次郎，幸得三好及時出現替李怡解圍。 穆宗駕崩兒子繼位成為武宗，三好與李怡等人亦漸成長。 三好無意中在御花園內拾獲鳳凰金釵；正當郭太后欲向鄭太妃問罪之際，三好及時出現送回金釵，成功替鄭太妃解圍。 本來TVB安排深夜劇時段播林家楝主演嘅《隱形怪傑》，相信係向今屆香港電影金像獎2項男主角提名嘅家楝致敬。 但係由於《家族榮耀》收得，TVB決定臨時收起《隱》，改以同樣係女人權鬥劇《宮心計》上陣，並會以《宮心計2深宮計》接力，連續2個月有成班妃嬪晚晚勾心鬥角。
李怡看穿元贄的詭計，再次以退為進令劍鋒自薦押運開倉賑災的款項，顯揚亦參與其中，使元贄卻大感氣結，決定另謀他法。 李怡與元贄商討政事，希望施行利民之政，但元贄欲獨攬不想李怡參與決策。 德裕到宮中向李怡進諫，元贄為除去德裕指他以下犯上，兩人更大打出手，李怡惟有把德裕關入大牢。